Công ty quản lý Công viên thành phố Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 2206/TCCB ngày 19/9/1960 của Ủy ban hành chính thành phố Hà Nội trên cơ sở tách Trại trồng hoa và ươm cây ra khỏi Sở Nông lâm.
Ngày 27/7/1991, UBND thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 1304/QĐ/TCCQ về việc thành lập Công ty công viên cây xanh Hà Nội trên cơ sở sáp nhập Công ty Công viên và Công viên V.I Lênin.
Ngày 29/12/2004, UBND Thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 197/2004/QĐ-UB chuyển đổi Công ty công viên cây xanh thuộc Sở Giao thông công chính thành Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Công viên cây xanh.
Ngày 17/06/2011, UBND Thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 2756/QĐ-UB đổi tên Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Công viên cây xanh Hà Nội thành Công ty TNHH một thành viên Công viên cây xanh Hà Nội.